La Villa de Merlo se ubica en el extremo NE de la provincia de San Luis, en el límite con la provincia de Córdoba. Descansa sobre el faldeo de las Sierras de los Comechingones (antiguos pobladores de la región). Las sierras se levantan hasta los 2300 mts. alcanzando su altura máxima en el Cerro de las Ovejas que se encuentra atrás del cerro Cabeza de Indio de 2100 mts. de altura formación característica del paisaje merlino.

El clima es del tipo Mediterráneo Seco. Hay escasa regulación marina por lo que hay gran amplitud térmica (diferencia amplias entre las temperaturas del día y la noche) lo que provoca el resquebrajamiento de las rocas y el suelo. La temperatura media anual es de 20º C, en verano se alcanzan temperaturas de 35º C mientras que en los meses de invierno se pueden registrar temperaturas de –5º C.

Los veranos son cálidos durante el dia pero en general refresca por las noches. Por el contrario durante el invierno se soportan noches frias (no más de 30 o 40 por año en los meses de julio y agosto), pero durante las horas del dia el sol pleno, que brilla esplendoroso más de 300 días por año, hace que la temperatura resulte agradable. El régimen de lluvias es de 600 mm anuales, la época húmeda va desde noviembre a marzo, el resto del año es seco pudiéndose registrar en invierno nevadas o garrotillo (agua nieve). La atmósfera de Merlo es muy diáfana, esto quiere decir que son pocos los dias nublados, la gran claridad del cielo permite una visibilidad de varios kilometros y obervar gran cantidad de estrellas en el cielo nocturno.